987
Erste urkundliche Erwähnung einer Kirche in Baden in einer Schenkungsurkunde des Kaisers Otto III (983 – 1002) an die Grafen von Nellenburg.
1245
wurde zum ersten Mal die romanische Kirche in der Stiftungsurkunde bei der Gründung des Klosters Lichtenthal durch Markgräfin Irmengard (1220 – 1260) urkundlich erwähnt. Die Kirche, von der heute noch der wuchtige quadratische Turmunterbau mit 4 ½ Stockwerken erhalten ist, wurde von Markgraf Hermann V (der Fromme, 1160 – 1243) erbaut.
1391 – 1793
Erbbegräbnisstätte der markgräflichen Familien, nachdem die Fürstenkapelle im Kloster Lichtenthal aufgegeben worden war. Im Chor der Stiftskirche sind zahlreiche Markgrafen und Markgräfinnen beigesetzt.
1453
Gründung des Kollegiatstiftes durch Markgraf Jakob (1431 – 1453) mit 12 Kanonikern und 10 Vikaren. Seit dieser Zeit führt der Sakralbau die Bezeichnung „Stiftskirche“.
Ab 1453
Erweiterung und umfassender Umbau zur „Gotischen Stiftskirche“ in zwei Bauphasen.
1453 – 1455
In der ersten Bauphase entstand der Chor der Kirche mit einer Länge von 23 m. Das im Gegensatz zu vielen Bauten der Spätgotik gar nicht verspielte, sondern klar gegliederte Sterngewölbe, in dessen vier Scheitelpunkten sich jeweils sechs Gewölberippen treffen, ergibt eine erhabene und fließende Linienführung.
1454 – 1474
Die zweite Bauphase ist gekennzeichnet durch Planung und Bau des neuen Mittelschiffs. Da der Platz sehr beengt war, wurde das Kirchenschiff seitlich um den Turm herumgeführt. Das Schiff erhielt dadurch die gleiche Länge von 23 m wie der Chor. Der quadratische Turmaufbau erhielt durch ein fünftes Stockwerk einen Übergang zum Oktogon und wurde mit einem gotischen Spitzhelm abgeschlossen. Der romanische Turmeingang wurde durch eine spätgotische Portalarchitektur geschmückt, die in ihrer heutigen Form eine Umarbeitung von 1751 / 52 ist. In der letzten Bauperiode des bis 1474 sich hinziehenden spätgotischen Ausbaus wurde 1468 die Marienkapelle dem nördlichen Seitenschiff vorgesetzt. Gleichzeitig erfolgte am südlichen Seitenschiff ein Kapellenanbau, der im oberen Stockwerk den ehemaligen Kapitelsaal des Stiftes enthält. Ebenerdig wurde die Sakristei angefügt.
1689
Am 24. August (Bartholomäustag) legten Truppen des Königs Ludwig XIV. Feuer in der ganzen Stadt, so dass der verheerende Stadtbrand auch großen Schaden an der Stiftskirche anrichtete und selbst die Glocken zum Schmelzen brachte. Turmhelm und Glockenstuhl brachen zusammen und Metallteile durchschlugen das massive Turmgewölbe. Diese Feuerbrunst überstand das kostbare und bedeutende spätgotische Sakramentshäuschen (um 1490) unversehrt, da ein nicht eingestürzter Teil des Gewölbes einen Schutzschild über dem Kunstwerk bildete.
1697 – 1712
1697 / 1698 wurde zuerst der gut erhaltene Chor mit einem neuen Dachstuhl ausgestattet und die übrige Bausubstanz gesichert. Dann wurde der schwer beschädigte Turmhelm abgetragen und um 1712 in seiner jetzigen barocken Form mit den drei sog. Welschen Hauben errichtet.
1751 – 1753
Umgestaltung des Innenraumes der Stiftskirche durch Markgraf Ludwig Georg (1727 – 1761, Sohn des „Türkenlouis“) im barocken Stil. Die beiden Seitenschiffe wurden wiederhergestellt und das Gewölbe des Hauptschiffes als barockes Tonnengewölbe mit reichem Stukkaturschmuck versehen. Die barocke Innenausstattung überdauerte etwa ein Jahrhundert.
1773
Das Kollegiatstift wird aufgelöst. Die Kirche war nicht mehr unter der Obhut der Schloßherren.
1808
Von 1808 an wird die Stiftskirche als Gemeindekirche genutzt.
1866 / 1867
erfolgte die Regotisierung der Kirche. Im gleichen Zeitraum wurde eine neue Sakristei angebaut.
1952 – 1954
Durchführung von Wiederherstellungs- und Sicherungsarbeiten: Das Dach wurde in der alten geschlossenen Form wiederhergestellt und neu gedeckt sowie das äußere Mauerwerk des Kirchenschiffes erneuert (Chor 1962). Die neugotischen Fenster von 1867 wurden durch einen thematisch und stilistisch geschlossenen Fensterzyklus des Marienlebens ersetzt. Es wurde nur mundgeblasenes Glas in reichen Farbtönen verwendet, wobei die Formen wesentlich mit Hilfe des Bleigerüstes gestaltet sind.
1967 / 1968
Durch austretende Thermalquellströme wurde der Schieferuntergrund der Kirche durchfeuchtet. Dadurch sind Schäden an den Fundamenten und am Mauerwerk entstanden, die mit großem Arbeits- und Kostenaufwand beseitigt werden mussten.
Nach 2000
Nach der Jahrtausendwende wurden im Außenbereich der Stiftskirche zum Teil umfangreiche Instandsetzungen an Natursteinverkleidungen, Fenstern und an Fassadenflächen durchgeführt.
2020 - 2023
Die Zukunftsfähigkeit der Stiftskirche wird durch
umfassende Sanierungs- und Modernisierungsmaßnahmen sichergestellt. Im ersten Teil erfolgt die Sanierung des Turms, im zweiten die Innenrenovierung des Kirchenschiffs. Schäden, die durch Thermalwassersalze entstanden sind, werden behoben, Kunstwerke restauriert, Wände von Grauschleiern befreit, die Technik modernisiert und vieles mehr. Auch der liturgische Raum wird behutsam neugestaltet.